安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。学校现有17个二级院部（含3所直属附属医院），5所非直属附属医院。学校现有24个本科专业，有3个一级学科博士学位授予点，5个一级学科硕士学位授予点，26个二级学科硕士学位授予点，4个硕士专业学位授权点。