学校创建于1960年，主校区位于海淀区花园北路40号，毗邻北京大学医学部、学院路八大学院等高等学府，目前正在进行重建，临时校区位于牡丹园东里2号。北医附中是海淀区一所教育、教学质量较高、社会声誉良好的完全中学，2017年9月成为北大附中教育集团总校一员。北医附中借助北大附中、北京大学、北大医学部的教育资源，并且结合传统文化方面的优势逐步形成了以生化和传统文化为主的办学特色。