学校创办于2002年，原名福州三中金山校区。2013年1月独立办学，2016年2月更名为福州金山中学，为市直属公立完全中学。现为福建省二级达标校，2020年正积极争创省一级达标高中。学校占地面积7万平方米，建筑面积5万平方米，教育教学设施均按一级达标校标准配置，教学区、办公区、运动区和生活区，布局合理，动静分明。