学校创办于1925年，历经震旦大学预科部、南京私立震旦中学、南京利济中学等沿革，至2011年因教育布局调整需要，与高中分设独立并更名。2020年，为进一步推进初高中质量提升与内涵发展，九中九初实行一体化办学模式。学校现有杨将军巷（初一、初二年级）和碑亭巷（初三年级）两个校区，占地总面积合计10000平方米。所有教室全部安装了现代化多媒体教学设施，供学生学习的各种功能教室齐备，现有32个教学班级，