学校创建于1958年，前身为南京市小市中学，1981年和南京市建宁中学合并，更名为南京市第六十六中学，1998年被确认为“南京市重点中学”，2007年被确认为“江苏省三星级高中”。几年来，在新一届领导班子的领导下，学校高中办学规模增大，校园面积扩容，教师队伍建设成效显著，硬件建设成果令人瞩目，初高中分设成为现实，教学质量稳步上升。