中心是2002年10月在原南通市卫生防疫站、市皮肤病防治所、市健康教育所三个独立法人单位基础上撤并组建的财政全额拨款公益一类事业单位，位于市区工农南路的南通市疾控中心大楼于2008年1月投入使用，主体11层，占地总面积9268平方米，建筑总面积14949.6平米（实验室6114平米）。中心所属开发区分中心在市开发区异地办公，占地4239平米，建筑面积3741平米，所属流调基地位于通启路，占地4503平米，建筑面积2507平米。

主要职能：传染病、地方病和寄生虫病、慢性非传染性疾病、预防控制；突发公共卫生事件应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；健康危害因素监测与控制；职业病、放射、环境危害因素控制，食品安全和食源性疾病预防控制，营养监测与营养改善，学生常见病控制；微生物和寄生虫病学检测、理化检测、毒理检测与评价等实验室检测检验与评价；技术管理与应用研究指导等。