新疆医科大学附属肿瘤医院成立于1989年；1993年自治区编办批准新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所，院所合一。2004年医院被批准为新疆医科大学第三临床医学院及新疆维吾尔自治区肿瘤防治中心。2018年被正式确立为自治区癌症中心。历经29年的建设，现已成为集医疗、教学、科研和防治为一体的自治区级肿瘤专科医院。医院占地9.25万平方米，建筑面积17.48万平方米，现开放床位1650张，设35个临床科室，15个医技科室和37个职能单元。