医院始建于1962年，前身为南通市传染病防治院。目前已发展成为集医教研于一体的三级甲等医院。医院目前编制床位1000张，实际开放床位近1200张，扩建工程二期项目完成后，开放床位将达1600张。设有2个门诊部、49个临床医技科室、2个紧密型医联体，3个社区卫生服务站。拥有省级临床重点专科3个，2个市级临床医学中心，9个市级医学重点学科，1个市级临床医学创新团队, 25个市级临床重点专科，12个基层特色孵化中心。