医院位于缙云山麓、嘉陵江畔的北碚城区内。其前身为卢作孚先生1927年创办的峡区地方医院。目前重庆九院已发展为重庆北部地区最大的医疗中心、重庆医科大学北碚附属医院、西南大学附属医院、第三军医大学教学医院、美国加州圣盖堡医院友好医院。医院的三大定位是：医院成本管理研究全国领先；儿童孤独症康复治疗中国西部领先；医教研综合实力重庆北部领先。医院有一个本部和三个分院，占地面积7.1万平方米，建筑面积10万余平方米。目前编制床位1200张。