医院成立于1949年10月，经过近70年为百姓服务的征程，是一所集医疗、教学、科研、康复、急救、健康维护、司法鉴定于一体的国家三级甲等综合性医院。现为国家三级甲等综合性医院，安徽医科大学附属亳州医院，安徽理工大学附属亳州医院，安庆医药高等专科学校双主体教学合作医院，全国百姓放心百佳示范医院，国家级住院医师规范化培训基地。医院现有4个院区。本部位于高新区，总占地面积360亩，总建筑面积28万平方米；北院区位于老城区中心，功能定位主要为医养结合中心、康复中心和健康管理中心；另有市华佗国医馆分院和薛阁社区分院。医院编制床位2000张，设置临床医技科室69个。