医院始建于2006年，原名“北京亦庄中医肿瘤医院”，2006年6月，经北京市卫生局批准正式更名为北京普祥中医肿瘤医院，2006年12月，经北京市劳动和社会保障局批准，成为北京市医疗保险定点医疗机构；2007年6月，被中医药管理局正式批准为二级中医专科肿瘤医院，是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体，以中医为特色的肿瘤专科民营二级医院。